Makoto Yûki est le personnage principal de la série "Persona 3".
C'est quelqu'un de calme et taciturne. Il aime écouter de la musique et porte en permanence des écouteurs. Il garde souvent une expression neutre sur son visage.
Dans "Spring of Birth" :[]
L'histoire débute à son arrivée dans la ville Port Island, ville qu'il a quitté il y a 10 ans. A peine arrivé, la ville devient sombre et le temps semble figé. Le jeune homme arrive tout de même au dortoir Iwatodai où il rencontre d'autres lycéens de Gekkôkan. Alors qu'il est dans sa chambre, il rencontra un jeune garçon qui lui demanda de signer un "contrat". Peu après, son dortoir est attaqué par des monstres étranges et noirs au beau milieu de la nuit. Il tente de s'enfuir et monte sur le toit, accompagné de Yukari Takeba, une lycéenne résidant dans le même dortoir que lui. Malheureusement, les monstres ont su grimper jusque-là et risquent bel et bien de les tuer. Yukari, blessée, n'est plus apte à combattre et le jeune homme doit faire face à l'entité. Il saisit alors l'arme de la jeune fille et se tire dessus en invoquant sa Persona.
Suite à cela, il se verra recruter par Mitsuru. Elle lui expliquera que les entités noires qu'il a combattu se nomment Ombres et que celles-ci ne sont là que durant la Dark Hour, heure "invisible" pour les autres mais qui existe bel et bien après minuit (les personnes "normales" sont protégées dans des cercueils durant cette heure-là). Étrangement, leur lycée se transforme chaque nuit en labyrinthe appelé Tartarus. Il rejoindra le groupe composé de la demoiselle, Yukari, Akihiko et Junpei. Ensemble, ils doivent combattre chaque nuit les Ombres. Cependant, certaines Ombres n'apparaissant que lors des nuits de pleine lune, se montrent plus coriaces et demandent toujours plus d'efforts et d'imagination pour les vaincre.